Za dwa jego największe zwycięstwa uważa się bitwę u ujścia Nilu (1798) i pod Trafalgarem (1805). W obydwu wykorzystał umiejętności swych marynarzy i kapitanów, wychodząc poza sztywne reguły walki w szyku liniowym. W bitwie u ujścia Nilu Nelson zaatakował zakotwiczone okręty francuskie wysyłając - co było uważane za bardzo ryzykowny manewr - część okrętów, by zajęły pozycje między wybrzeżem, a szykiem francuskim, gdy pozostałe jednostki nacierały od strony morza. Choć ryzyko było duże, okręty francuskie znalazły się pod ostrzałem z dwóch stron i z trzynastu liniowców Napoleona tylko cztery zdołały się uratować. W bitwie pod Trafalgarem Nelson poprowadził swe okręty wprost na szyki francusko-hiszpańskie. Znów odniósł przytłaczające zwycięstwo, które miało znaczące konsekwencje: Wielka Brytania uzyskała absolutne panowanie na morzach na kolejne 100 lat. Jednakże to stulecie było także okresem postępu technicznego, w trakcie którego drewniane burty, żagle rejowe i działa gładko lufowe królujące na morzach przez 250 lat miały zniknąć.